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秘理院没有了对军队的直接参与，成员完全受姜榆罔指挥，因而权力的管理分配相对纯粹，这一点和过去的情报部很是不同。
表面上看，这只是收回了一部分对军事的议事和指挥权，但实际上，这是改变了秘理院成员的军官身份，转化成为真正的情报人员和特工人员。
因为感到难于把这些淳朴的卫所士兵直接训练位军事参谋人员和情报调查人员，姜榆罔通过建立权责混合的情报部作为过渡，终于培养出来了一批具备基本的军事参谋和情报特工素质的人员。
神狩院负责分流军事参谋部分，而秘理院则是分流了情报特工部分。秘理院的成员们不再需要调动军队士兵为己出力，他们每个人都是最精锐的战士，而因为代行姜榆罔意志的原因，他们理论上掌握着仅次于枢机院的权力。
这里又是一层权力制约设置，枢机院作为姜榆罔之下的最高管理部门，是具备一定的管理秘理院的能力的，而秘理院又只听从姜榆罔命令，所有只有在枢机院接到姜榆罔命令后，才能真正的调动秘理院。
重重分析下来，还是只有姜榆罔可以调度秘理院，而同时又保证了枢机院的最高地位，使枢机院不会因为秘理院对所有部门的监督能力而遭到秘理院的实际支配，仍然保持着管理秘理院的能力。
这两大强力部门权力重重交错，又能各司其职，而真正的权力最终还是归属于姜榆罔手中。加上通过神狩院的具体管理和自己的最高军官等阶身份来实现彻底掌握的军队的，姜榆罔通过一系列的编制设计成为了莽古堡势力真正的掌握者。
当然了，他能做到这一点，与他在莽古堡绝对的威望是离不开的，而这权利与威望重重叠叠，几个月下来，虽然不能说管理控制的深入度有多么高，但绝对是要远超于这些村民原本的山寨寨主的管理能力的。
秘理院的第二个特点，则是之前的情报部所不具备的，绝对的保密性。之前的情报部因为成员要与各方面，甚至是军队进行交涉管理的缘故，所有成员的身份基本上是公开的。
相比普通士兵，这些成员反而有着更高的知名度，许多人的身份都是完全敞开的，大量的村民，工匠和士兵与其熟识，这样的结果就是很难实现一些有保密需求的任务的秘密执行。
在掌控南桑寨的势力之后，姜榆罔也有较深入地思考过对于这种身份暴露情况的处理，最终决定将这些已经暴露身份的情报部成员作为神狩院成员培养，而尚未暴露身份的成员，则是要尽可能对身份进行保密，以期待其能够成为未来的专业情报人员。
最后的秘理院成员，全部由这些未暴露身份的情报部成员组成。姜榆罔安排张大可的造物院制作了一批面具，秘理院成员平时要佩戴面具，只有做一些必要的潜伏任务时，才可以摘下面具。
而无论戴不戴面具，他们都是不可以暴露自己的真名的。
在选择加入秘理院时，所有人都要宣誓深藏自己的真名，除了与家人想出时可以使用真名以外，其他任何时候，包括与姜榆罔交流，都要使用化名。
为了这些人的化名，姜榆罔还专门做了一个三重对应的简单密码本，为每个人设计了三个假名，尽一切可能隐藏秘理院成员的身份。
姜榆罔一开始并没有为秘理院成员设计一个称呼，本身长期的情报工作培训和他们后来担任的秘密情报工作，以及受姜榆罔直接指挥执行任务的现实，就已经让他们充分感受到了自己的特殊性了，在执行任务时会获得天然的使命感。
因此，按照姜榆罔最初的想法，本来是没有必要为这些秘理院的成员们设计一个称呼的，但是因为秘理院的秘密行动的特殊性，还有他们日常戴着面具这些与众不同的行为。
莽古堡中人一般称他们为“密军”，其实也就是“秘密的军队”的意思，是其他人对于秘理院的好奇心的体现。
除了秘理院得到了一个“密军”的称呼之外，姜榆罔也意外的得到了一个别名，这就和姜榆罔对于莽古堡各院的管理有关了。
在用枢机院来管理负责各个方面事务的机构，冠以各种院的名称的组织架构建立起来之后，姜榆罔也对各个院的管理岗位称呼做了统一的规定。
每个院的最高负责人称为“院使”，寓意为接受使命来管理事务，每个院设最多四名副院使，分管事务，以下的职责则是由各院内部进行规定。
例如炼金院，就是根据所负责的不同武器的不同部件进行部门分工，最低的一层是“组”，负责一个部件生产的分工，再高一层是管理一个部件制作安排的“支”，而更上一层是负责一个武器的“部”，再之上则是冶炼和生产分工的两个“局”。
而再以秘理院为例，自上而下，首先分为总部和分部，总部所有人等级比分部高一级。总部以莽古堡的秘理院驻地为中心，而分部在整条莽古山，以及孟养城西南一带活动。
四名副院使全部驻扎在总部，分别负责管理四个“厅”：
一，神御厅，司职秘理院内的居中协调管理，集中管理文件和人事，无下辖分部，人员全部为总部成员，但是分部中会有专员驻留；
二，圣下厅，司职监督其他各院和秘理院内部事务，收集情报，管理负责同样事务的分部；
三，守观厅：司职对外的侦查与情报收集工作，管理同样事务的分部，而因为分部大多为收取对外情报，所以守观厅管理的人是最多的
四，天上厅：司职战斗相关的秘密行动与实际执行，圣下厅和守观厅只有情报收集处理的权力，但天上厅拥有根据情报进行实际行动的权力。无论是对于内部犯事者的抓捕，还是对外的特殊行动，都是由天上厅负责。
天上厅同样没有下辖的分部，人员平时分散驻扎于特定地点，又在需要时在特殊地点汇合，而神御厅负责在各个厅和分部间的信息通知工作。
这种结构的设计，避免了掌握秘密行动权的秘理院可以自主进行太多的行动，重要的行动都要经过神御厅处理，由姜榆罔知悉决定后，再交由天上厅实际行动，实际掌握最多信息的圣下厅和守观厅并没有行动权。
每个“厅”的负责人的官职称为“秘书长”，寓意为姜榆罔的助手，真正权力掌握于姜榆罔手中，每一名秘书有三位副手，称为“候补秘书长”，秘书长的继任者就从三人中选出。
而各个“厅”以下，除了没有分部的天上厅和神御厅，就是各自管辖的分部，分部的负责人称为“秘书”，每人有两位副手，即为“候补秘书”。候补秘书将会是秘书的继任人之一。
分部级以下为队级，称为“队长”，一般负责实际的事务处理，是一线事务领导。总部的队长与分部的“候补秘书”同级，分部的队长则要低一级。
队长设一名副手，称为“教导”，负责帮助队长管理事务，同样是队长的继任人之一。无论是分部的长官“秘书”，还是队的“队长”，除了副手可以称为继任者之外，还可以选择其他人来担任，人事的讨论由神御厅负责。
而厅的负责人“秘书长”，除了姜榆罔直接任命的情况之外，就只有从三名副手中选出。
队级以下，为组级，也是秘理院最基层结构，设一名组长，一名副组长。组长的任命由所属的队给出方案，神御厅决定。副组长则是由组长选任。
总部的组长相当于分部的教导。
整个秘理院中，最低级的成员称为接引，这个名称一方面强调秘理院的特殊性，另一方面也是一重代号上的伪装。
以分部组员为1级成员，分部副组长为2级，分部教导为3级，分部队长为4级，分部候补秘书为5级，分部秘书为6级，候补秘书长为7级，秘书长为8级，最终姜榆罔为唯一的9级。厅以下，总部的所有职务高分部一级。
以一人完全掌握秘理院的姜榆罔，与其他各院都多少有一些不同。神狩院因为与军队的联系，而自然参与到了莽古堡推行的军队民主之中去，各个工匠部门本身内部就要围绕技术不断展开讨论，而所有各院除了相对独立的秘理院，都要在枢机院处进行交流。
只有秘理院，姜榆罔建立了绝对的权威，在这里，他就像主人，也是因此得名为：“密军的主人”，简称就是“军主”。
姜榆罔对于这个称呼也是哭笑不得，他没有去追究到底是谁想出来了这个名字，而是默默地接受了。毕竟相对“百户”这种古老的称呼，有一个新的名字不一定是坏事。
这也一定程度上代表着他对于莽古堡势力的控制力，这里虽然领着，用着大量来自孟养城输送的物资，但是真正的权威被逐渐集中到了姜榆罔身上，而不是局限于明军的抽象领导概念。
简单地说，就是现在，无论是一直直接管理姜榆罔的指挥使，还是名义上作为姜榆罔上司的千户，都无法真正调动莽古堡的部队为己所用。
能实现这一点，离不开姜榆罔长期以来不断进行的，对莽古堡的特殊编制变革，而秘理院的建立，一部分也是为了防止手下出现和自己一样的人。
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姜榆罔最终选择了莽古堡的一处偏僻的角落作为秘理院的驻地，周围还尚未住人，姜榆罔也不打算允许这周围住满人，最多不过是安排一些内部成员住下，帮助作为伪装。
而两名精干的秘理院接引守护在院落外，他们虽然不像普通的站岗那样有气势，而是看上去有些懒散地坐在竹椅上乘凉，但是敏锐的目光表示出来了他们肩负着比普通的站岗卫士更多的守卫任务。