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天启七年（1627年）十一月一日，崇祯帝斥责徐应元，并再次将魏忠贤贬往中都凤阳祖陵司香。然而，魏忠贤出京的时候，竟然还带着卫兵1000人、大车四十余辆浩浩荡荡地向南而去。一这无疑刺激了崇祯帝敏感的神经。于是，崇祯帝接着下了一道谕旨，命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。[54]
天启七年（1627年）十一月六日，在阜城县（今河北阜城）南关的旅舍中，亲兵散尽的魏忠贤孤零零地呆在客栈中，听着旁边房间里一名书生的《桂枝儿》小曲，最后自缢而亡。而清算魏忠贤余党的行动也很快着手进行。[54]
清算阉党
此时明朝中央政府机构中遍布魏忠贤的死党，甚至一批魏党人物以弹劾魏忠贤的功臣自居，以图混淆视听。为此，清算魏党的战斗刻不容缓。崇祯帝先后任命曹师稷、颜继祖、宗鸣梧、瞿式耜等人为给事中，任命吴焕、叶成章、任赞化等人为御史，以纠弹魏党为职责，掀起一场大规模的清算风潮。[60]从天启七年（1627年）十一月至崇祯二年（1629年）三月，清查阉党逆案的罗网撒开。除首逆魏忠贤、客氏之外，共列七类：首逆同谋六人，结交近侍十九人，结交近侍减等十一人，逆孽军犯三十五人，谄附拥戴军犯十五人，结交近侍又次等一百二十八人，祠颂四十四人，共计二百五十八人，分别定罪处置。与此同时，崇祯帝下令拆毁各地为魏忠贤建造的祠堂，规定宫中内监不得擅自出京，并要求各地镇守的太监立即办理移交手续，火速返回京城。[60]
在定阉党逆案的同时，崇祯帝逐步展开平反昭雪活动，为一些受阉党迫害的东林党人恢复名誉。从理论上讲，褒扬正义，铲除邪恶，崇祯帝都一一做到了。除恶扬善，求的是上下齐心，一心向善。然而，理论用之实践的结果却让崇祯帝品尝到了政治的苦涩。[60]
阉党和东林党的斗争由来已久，用清初士人的话来说，东林未必都君子，而阉党未必皆小人也，所谓的清除邪恶一方，褒扬良善一方也只能是相对而已。两党之间的明争暗斗一直持续到清朝统治初年，一心整饬朝纲的崇祯帝陷入了一场永无休止的战争之中。[60]
明朝自万历以来，党争不断，东林党与宣党、昆党、齐党、楚党、浙党之间互相攻击，终于导致天启年间阉党专政的局面。朱由检即位之后的首要举措就是清算阉党，但这只能说是第一步，进一步消除党争是更加令人头疼的大事。[60]
勤政廉政
据有关史料记载，崇祯帝勤政到为处理公文彻夜不眠。一次，他去慈宁宫拜见宫中最有威望的刘太妃（崇祯帝祖母辈）时，竟然坐着睡着了，刘太妃命人拿来锦被给崇祯盖上。崇祯醒来后苦涩地说，为处理公文，召见群臣他很少能休息，已经两夜未眠，说罢与刘太妃相对落泪。崇祯帝白天在文华殿批阅奏章，接见群臣，晚上则在乾清宫看奏章，遇到军情紧急时便连续几昼夜不能休息。[61]
崇祯帝是明朝自太祖以来罕见的勤政之君，除了照例应免日期之外，每日视朝，并参加日讲和经筵。一日，他参加日讲时，由于疲惫不堪，随意把脚放到台楞之上。当时日讲官文震孟正好讲到《尚书》中“为上者奈何不敬”一句，便抬眼注视皇上翘起的脚，崇祯帝不好意思地以袍袖遮掩，把脚徐徐放下。可见，他对日讲也是认真对待，并非敷衍了事。[62]崇祯帝上任伊始，发出“文官不爱钱”的号召。在随后的日子里，他一直以身作则：当政17年，宫中没有进行任何营建，吃穿俱不讲究。[63]
罪己诏
次数
崇祯八年（1635年）正月，在中原数省范围内流窜奔袭经年的陕西农民军突然挥师南下，出其不意地一举攻克明朝中都凤阳，大明开国皇帝朱元璋的龙兴之地，掘朱元璋祖辈之明皇陵并焚毁之，熊熊大火和弥天烟雾持续了数日之久。随后，朝廷匆忙调集各省精兵八万余人在中原地区进行会剿。八月，洪承畴负责督剿西北，卢象升负责督剿东南，剿灭农民暴乱军之战事在全国范围内拉开帷幕。十月初，崇祯帝走出了令他的自尊十分难堪的一步，即第一次向全天下颁布“罪己诏”，向天下臣民首次承认朝廷的政策失误及天下局势的险恶。
崇祯十年闰四月，北方大旱，中原大地、赤野千里、饿殍遍野、民不聊生，而地方官吏仍旧逼粮催科、盘剥百姓，多处地方亦然民怨沸腾、干柴烈火、一触即燃，面对这样的危局，崇祯帝在久祈不雨时的时候颁布《罪己诏》。
崇祯十五年（1642年）新年伊始，崇祯帝在奏对朝臣时格外谦卑地揖拜阁臣周延儒等人，希翼君臣齐心协力、再图振兴国事之举。正月，在崇祯帝的默许下，朝廷派马绍愉为特使，同关外清庭进行谈判，以期减缓明朝腹背受敌的军事压力。二月，闯王李自成所部在襄城大败明军，杀害陕西总督汪乔年。三月、四月，关外松山等城相继被清军攻陷，辽蓟总督洪承畴被清军俘虏，后归降清廷。五月，李自成所部三围开封。七月，贤淑聪慧的田贵妃病故，崇祯帝悲痛欲绝、日不思饮、夜不成寐、痛不欲生。八月，对清庭议和机密被朝臣泄露，朝廷舆论大哗，迂腐言官大肆抨击，崇祯帝恼羞成怒，情急之下，竟将无意泄漏国家机密的兵部尚书陈新甲下狱问斩，明清之间的和谈彻底破灭。九月，在李自成所部围困开封期间，黄河堤溃，开封城被滔滔洪水冲毁，导致几十万开封百姓无端丧命，酿成明末巨大人道灾难，李自成对此负有不可推卸的历史责任。十月，李自成所部在郏县击败明陕西总督孙传庭部。十一月，清军第五次入塞劫掠，深入山东腹地，俘获人口三十余万人丁，杀害官吏数百人。闰十一月辛丑，崇祯第三次下罪己诏。
崇祯十六年（1643年）年初，闯王李自成在襄阳建立政权。二月起，京师瘟疫流行。三月，左良玉部哗变。四月，清军进犯出塞。五月，张献忠部攻克武昌，楚王遇害（被张献忠残忍地打入囚笼沉入长江溺死），张献忠正式建立“大西”政权。随后，内阁首辅周延儒被罢官。六月，崇祯痛心疾首、欲哭无泪，悲愤地向天下官绅百姓第四次下罪己诏，谴责自己的失德和过失导致生灵涂炭、社稷遭殃，希望天下官民士绅能够振聋发聩、共赴国难，鼎立拯救危机重重、病入膏肓的大明王朝。
在东北，努尔哈赤在万历年间经过30多年的征战统一了女真族的全部。之后正式称汗，建立后金，接着努尔哈赤便开始了对明朝的进攻。
崇祯帝启用已经解职回乡的大将袁崇焕出任兵部尚书，督师蓟辽，平息后金叛乱。努尔哈赤被袁崇焕用大炮打死后，儿子皇太极继承了他的汗位，但是疑心太重的崇桢帝中了皇太极的反间计，结果是袁崇焕被凌迟处死，然后传首边关示众，尸体被北京民众争买而食，家被抄，但家无余资。袁崇焕死后，副将祖大寿闻讯大惊，率领部下毁坏山海关而出，直奔锦州，投奔后金。祖大寿给他的外甥吴三桂写了一封招降信，但这时的吴三桂不从。祖大寿投降后，崇祯帝派蓟辽总督洪承畴统领吴三桂等八总兵共十三万人前往救援锦州，洪承畴在镇压李自成的征战中，立了大功，但在锦州被围了六个月，食尽，被俘，投降后金，吴三桂逃走。锦州之战标志着明朝在辽东防御体系的完全崩溃，在关外只剩下宁远一座孤城。
经济
面对内地农民军和边外满洲军的层层逼近，朱由检为了增加朝廷财政收入，在正常的税赋之外增加的辽饷、剿饷和练饷。合成“三饷”。
崇祯三年（1630年），增加又强征“辽饷”，亩加征银三厘。崇祯十年（1637年），为镇压农民起义，开征“剿饷”，每年加派银三百三十余万两。崇祯十二年（1639年），明廷又加征“练饷”，每年征银七百三十余万两。
辽饷、练饷、剿饷（曾议，未实施）等“三饷”的加派，成了崇祯一生的最大污点。然而，中国经济史学会副会长、中国明史学会副会长陈支平先生却说：“心平气和的分析，三饷所加，不过每亩‘九厘’银，按明末的粮价折算，尚不足十斤稻谷，这在明末的亩产量中所占的比例，微乎其微。”[70]
应该能理解到，在国家发生战争时期，适量的增加赋税乃是无可避免的。[70]清朝入关之初，多尔衮曾大义凛然地指责说：“前朝弊政厉民最甚者，莫如加派辽饷，以致民穷盗起，而复加剿饷，再为各边抽练，而后加练饷。惟此三饷，数倍正供，苦累小民，剔脂刮髓。”[71]然而又摆出一副悲天悯人的姿态，称“自顺治元年为始，凡正额之外，一切加派，如辽饷、剿饷、练饷及召买米豆尽行蠲免。”[72]然而，真正的事实却是：这蠲免“三饷”的谕旨并未严格加以贯彻，除多尔衮边外筑城加派九省额外钱粮250余万两、顺治亲政命抵额粮，及顺治末一度加征练饷，“以前项辽饷在万历年间加派，故复照旧派征”。[73]
因此，明史学家顾诚在《南明史》指出“顺治十八年还食言自肥，恢复了明朝剿饷，加赋五百多万两”