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顺治六年（1649），从苏州返回常熟，表面上息影居家，暗中与西南和东南海上反清复明势力联络。
顺治六年（1649），曾致书南明桂王政权桂林留守瞿式耜，以“楸秤三局”作比喻，痛陈天下形势，列举当务之急著、要著、全著，并报告江南清军将领动态及可能争取反正的部队。瞿式耜得书后，上奏桂王说：钱谦益“身在虏中，未尝须臾不念本朝，而规划形势，了如指掌，绰有成算”，“忠躯义感溢于楮墨之间”。
顺治七年（1650）起，不顾年迈体弱，多次亲赴金华策反总兵马进宝反清。
顺治九年（1652），李定国克复桂林，承制以腊丸书命钱谦益及前兵部主事严拭联络东南。钱谦益便“日夜结党，运筹部勒”。
顺治十一年（1654），郑成功、张名振北伐，钱谦益与柳如是又积极响应“尽囊以资之”。起事失败后，钱并未灰心，仍先后与反清复明志士魏耕、归庄、鹤足道人等秘密策划，以接应郑成功再度北伐。还在长江口白茅港卜筑红豆庄，作为隐居之所，以便与各地联络，刺探海上消息。
顺治十七年（1660），郑成功、张煌言率水陆大军再度北伐，连克数镇，钱谦益欣喜若狂、慨然赋诗作《金陵秋兴八首次草堂韵己亥七月初一作》等诗歌，歌颂抗清之师，直斥清廷“沟填羯肉那堪脔”，“杀尽羯奴才敛手”。当这次北伐再度失败后，他才心灰意冷，痛感“败局真成万古悲”。“忍看末运三辰足，苦恨孤臣一死迟"。
清康熙三年五月二十四日[12]（1664年6月17日），钱谦益八十三岁高龄去世，葬于虞山南麓。[10]乾隆四十一年（1776）十二月，乾隆帝亲诏钱谦益列传《贰臣传》乙编，以示与洪承畴之别。
个人著作编辑播报
钱谦益作品
钱谦益作品
史学著作：《明史稿》，毁于火。
文学著作：《牧斋诗抄》《有学集》《初学集》《投笔集》，清代版被禁毁。
另有《楞严经蒙抄》《金刚心经注疏》等10余种。[8]
家庭成员编辑播报
原配夫人陈氏
陈氏，钱谦益原配夫人，曾与其妾王氏、朱氏，与柳如是争宠。先于钱谦益去世，与钱谦益合葬。[13]
继室夫人柳如是
柳如是（1618年—1664年7月21日[14]）本姓杨，名爱，改姓柳，名隐，后改名是，因读辛弃疾词：“我见青山多妩媚，料青山见我应如是”，故自号如是；后又称“河东君”、“蘼芜君”，盛泽镇人，生于明万历四十六年（公元1618年），幼年被卖到盛泽镇归家院名妓徐佛家为养女。受徐教养，柳诗擅近体七言，分题步韵，作书得虞世南、诸遂良笔法.[15]与钱谦益婚礼完毕后，柳如是如愿成了继室夫人，钱谦益吩咐家人一律叫“夫人”，不得称为“姨太”，而自己敬称柳如是“河东君”。[16]
女儿赵钱氏
钱谦益与柳如是的女儿，后来嫁入赵家，人称赵钱氏.[17]
人物评价编辑播报
总体评价
钱谦益
钱谦益
钱谦益是个思想和性格都比较复杂的人。他的身上，不乏晚明文人纵诞的习气，但又时时表现出维护传统道德的严肃面貌；他本以“清流”自居，却而为热衷于功名而屡次陷入政治漩涡，留下谄事阉党、降清失节的污名；他其实对忠君观念并不执着（《陆宣公墓道行》诗有云：“人生忠佞看到头，至竟延龄在何许？”），却又在降清后从事反清活动，力图在传统道德观上重建自己的人生价值。这种进退维谷、反复无常的尴尬状态，给自己造成心理的苦涩，虽取得南明诸王及明遗民的谅解，但仍被后世清朝皇帝所憎厌。
尤其在乾隆时期，乾隆帝的一道道谕令，将钱谦益打入最低谷，不仅彻底否定了其人品，也否定了他的学问“文章哪有光？”首开对钱评价中“以人废言”之先例。此后，不仅钱本人被钉在历史的耻辱柱上，其著作也被禁而长期不能流传，甚至和钱同时与之有交往的人，其著作中有钱氏一序，或者有酬和之诗文，“亦在禁毁之列！“[11]钱基博在《明代文学》中评价“钱氏以明代文章钜公，而冠逊清贰臣传之首，人品自是可议！”[18]在他身上，反映了明清之际一些文士人生态度的矛盾。
但他在学界文坛的宗主地位，未因此而动摇。当其八十华诞时，归庄仍送寿联云：“居东海之滨；如南山之寿。”黄宗羲在钱逝世后所作的《八哀诗》中，仍将其引为“平生知己”，且肯定其“四海宗盟五十年”的学术地位；即使是像顾炎武至死不仕清廷，不愿列名于钱的“门生”的人，仍肯定其是“文章宗主”。[11]
近代著名史学家陈寅恪曾撰写了一部百万字的史学名著，以钱谦益小妾柳如是为书名，叫做《柳如是别传》，表面上是柳如是的传记，实际上写的却是钱谦益在降清之后如何与郑成功合作反清复明。当然，也有很多人质疑、挑战陈寅恪的观点，至今仍无定论。这就是说不清、道不明的历史。[11]