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在鲁鲁修失联的一年里，娜娜莉被查尔斯控制。
娜娜莉在学园祭期间，曾与尤菲皇姐交流，她了解尤菲皇姐的意愿，并对尤菲皇姐十分崇拜。恢复皇族身份后，娜娜莉主动向父皇申请成为11区总督，以期完成尤菲皇姐的目标。
这一次鲁鲁修面对的是妹妹娜娜莉，她的目的和地位与尤菲一样，但此时的鲁鲁修却和过去不同。
为救出妹妹，黑色骑士团对新11区总督，娜娜莉的座舰发动奇袭战。
座舰即将沉没这刻，朱雀赶到，而在这危险时刻，鲁鲁修化身的zero与朱雀同时奔向娜娜莉，共同呼唤着她的名字。
可惜被面具阻挡地zero发出的金属音，使娜娜莉并未听出哥哥的声音，她选择了朱雀，她呼唤着朱雀的名字。
这一刻，鲁鲁修像是被世界遗弃一样。
“如果连娜娜莉都不在了，创建一个新世界的意义是什么呢？”
扔掉头盔和联络器，鲁鲁修抛弃了zero的身份，如果zero成为娜娜莉愿望的阻碍，那么这个人就可以消失了。
放下一切回到学校，准备做普通学生的鲁鲁修意外发现自己并不孤独。除娜娜莉之外，自己身边还有许许多多的朋友。在娜娜莉身上失去的一切，终于在这群朋友的安慰下唤醒。
他开始回忆过去，发生在娜娜莉身边的一切，娜娜莉心中真正的愿望，朋友们期待的世界……
他们所期待的，到底是什么？
一路走来，自己经历了这么多事，目的是为了什么？
数次游走在生死边缘，耗尽心力帮助黑色骑士团在布里塔尼亚围剿的夹缝中生存，戴上假面虚假地活着，做这些是为了谁？
这些问题促使他思考。
娜娜莉、夏莉、c.c.、尤菲、朱雀……
他们身上背负的命运以及悲惨的生活缘何而来？娜娜莉心中的理想世界是什么样的？夏莉仅仅想普普通通度过一生有什么错误？不老不死地悲哀存在c.c.经历过什么？因自己过错惨死的尤菲姐到底犯了什么罪？欢快活泼的朱雀为什么会背负弑父之名不容于同族？
是什么让他们无法获得幸福，不能在阳光下露出欢快地笑脸？
“谁也没有错，错的是战争。”
当黑色骑士团即将团灭时，鲁鲁修重拾假面。
他终于认识到，自己一直以来奋斗的目标并不仅仅是给娜娜莉创造一个安定的环境，而是为了娜娜莉心中那温柔的、没有战争的、存在一切美好的世界，而这个世界也一定可以成为实现朱雀、夏莉等人愿望的理想世界。
鲁鲁修不再动摇，他用双手拨开层层迷雾，拥有geass的眼看穿一切，未来的道路已经出现了。
为拯救黑色骑士团，鲁鲁修命令黑色骑士团全体加入娜娜莉建立的东瀛特区，可最终鲁鲁修所饰演的zero以及百万平民却被流放至太平洋群岛的岛屿，归属于号称永久中立国的星条联盟。
在王明的设计中，星条联盟取代了原本动画中中华联邦的地位，而这横跨美洲大陆的巨大联盟成为接下来的主战场。
这个设定是想到了当初在历史课上学到的南北战争，王明将这部分活用在动画里。
因贫富差距巨大，星条联盟南北两端可谓是问题重重，甚至连皇室内部的声音也不统一。现任皇帝奥观海的观点是扩张侵略，所以他将自己的女儿也就是原作中的蒋丽华，现作中的奥传普指配给布里塔尼亚大皇子，想通过联姻手段加强控制国家的筹码。
不过却被zero等人破坏。
……
夏莉受到的geass效果，受杰雷米亚的geass消除器影响，解除了。她恢复了过去的记忆，不仅是被查尔斯修改的记忆，还有鲁鲁修令她遗忘的那些记忆。
夏莉分不清到底什么才是真实，到底哪一份记忆才是真的，接受了两份人生记忆，而这两份记忆就如同跗骨之蛆，缠绕在身体里。每当从噩梦中惊醒，她都要问——如果连记忆都出错了，还有什么是真的？
在夏莉即将被恐惧和迷茫击垮时，她首先想到的就是鲁鲁修。这个充满虚假的世界里，鲁鲁修、zero两个面具在一起，到底鲁鲁修是罗洛的哥哥，还是zero？
爱恨交织中，夏莉决定向鲁鲁修复仇，她将朱雀叫来，准备告诉朱雀鲁鲁修就是zero这事，可却意外碰到了鲁鲁修。
突然她想到一种可能，如果两人是一伙的呢？
贫民区与租界交点大楼上，夏莉失足从大楼跌落，可就在她准备放弃的时候，意外发现掉落的身体停止了，抬头望去，原来是鲁鲁修奋不顾身地拉住了她。
“放开我，放开我！”
两份记忆带来的虚假，令她对这个世界产生怀疑，夏莉挣扎着想要永久离开这个虚假地世界。
“不行，我不会放手！我已经不想再失去了……夏莉。”
鲁鲁修的眼中满是悲伤与痛苦，是对意外杀死尤菲的悔恨，是对过去不成熟的自己地谴责，但更多的是绝不放手地决意。
夏莉在鲁鲁修的眼中看到了她一直寻找的真实，她终于找到了真正的鲁鲁修，他不是罗洛的哥哥，也不是黑色骑士团的zero，而是那个爱护妹妹的好哥哥——鲁鲁修。
为了鲁鲁修，夏莉决定劝说曾经要好的两人合好。
“朱雀，你不是无法原谅他，而是不想原谅他吧……而我，早就原谅他了，毕竟这世上，没什么是不可以原谅的。”
夏莉找到属于自己的未来，她决心和鲁鲁修并肩与整个世界战斗。
这时，夏莉遇到了罗洛，也就是鲁鲁修虚假的弟弟，她向罗洛表达了自己对鲁鲁修的心意。
“让我加入你们吧，我也想保护鲁鲁，我想替他找回属于他的幸福，连同娜娜莉的那份一起……”
娜娜莉是罗洛的禁忌死穴。
从小缺乏亲情，被当做杀人工具使用的罗洛，对给予自己信任和亲情的鲁鲁修十分依赖和信任，并有着极强占有欲。在鲁鲁修苦肉计感化下，甘愿被鲁鲁修当做棋子使用，他的人生目标就是取代娜娜莉成为鲁鲁修最重要的亲人，这种感情已经发展到了病态，而夏莉的话正好触犯到罗洛的死穴。
为了独占哥哥，罗洛可以杀掉一切阻拦自己的人。
当鲁鲁修再次见到夏莉时，她浑身血泊地倒在那里，气若游丝。
“太好了，能在生命最后一刻和你说话。”
鲁鲁修的大脑一片空白，他的身体在颤抖，难以置信的看着这一幕，仿佛用尽全身力气一样，从嗓子里挤出低沉的声音：“谁干的？”
甩甩头，知道不是追究这件事的时候，鲁鲁修准备叫医生，却被夏莉打断。
“恢复记忆时，我很害怕！身边一切都假的，所有人都在说谎，感觉全世界都在监视着我。
鲁鲁，你一直都在这样的世界里孤军奋战吧…就算只有我一个，也想要成为鲁鲁的伙伴。
我喜欢鲁鲁，明明知道是你把爸爸卷了进去，可还是无法讨厌你。
虽然鲁鲁让我忘记了一切，可我却又一次喜欢上了鲁鲁，所以我想，即便记忆被无数次修改，即便世界全部都是假的，唯有这份喜欢，绝对是真实的。
所以无论多少次轮回，我…都绝对…绝对会喜欢上你……”
夏莉永远的闭上了眼睛，即便鲁鲁修对着夏莉疯狂地使用geass，也无法改变她死亡这事，毕竟geass只是精神能量，不足以改变人类的生老病死。
但夏莉留给观众的，这份深沉的“不论多少次轮回，我都会再次喜欢伤你”地爱，却无人不为之动容，而鲁鲁修即尤菲之后，再一次失去了夏莉。
夏莉的死令无数人悲伤叹息，那个永远笑着，笑容中充满温柔，将悲伤压在心底，用笑容治愈他人的温柔女孩子，就这样永远的离开了。