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四月中旬，北中郎将卢植、左中郎将皇甫嵩及右中郎将朱儁各领一军分赴各地。卢植前往荆州南阳郡，皇甫嵩和朱儁负责消灭豫州的黄巾贼。
此时，黄巾军势头正猛，连续取得几场大胜，劫掠了众多的物资，士气高涨。
颍川渠帅起事之初便一鼓作气占领颍川郡郡治阳翟城，缴获了众多的后勤辎重和武器铠甲等军事物资。
随后在召陵大败汝南郡太守赵谦，并趁势占领汝南郡治所平舆城，使得豫州的黄巾军如日中天，仅仅颍川郡和汝南郡便发展到二十多万人，渠帅波才驻守阳翟城，大将彭脱驻守平舆城。
颍川郡在历史上一直是大郡，自设立以后一直是京师之外最为繁华的地方，治所在阳翟城。是中华民族的发祥地，黄帝生于此，夏禹建都于此，因此成为中国众多姓氏的发祥地，历史上人才辈出，数不胜数。
汝南郡下设37县，有二百多万人口，是当时人口最第二多的郡，非常富裕。
右中郎将朱儁带领一万五千官兵率先出发，五月初到达颍川。
朱儁与黄巾军波才部黄巾军进行了一场激战，不敌士气正盛的黄巾军，战败，损失惨重，官兵损失大半，而黄巾军兵力多于朱儁，众寡悬殊，汉军十分恐惧，朱儁被迫带领残余退至长社（今河南长葛东北）坚守。
左中郎将皇甫嵩看形势不对，没敢带军继续南下，而是率军进驻长社，与右中郎将朱儁会师，不过两人的兵马合起来仅有二万多人，对战黄巾贼，并不占优势，只能坚守寻找战机。
黄巾军有组织、有预谋，人马众多，士气正盛，且有信仰支持，更重要的是劫掠了大量的物资，后勤物资充足，吃穿不愁。
六月初，波才率领大军包围长社。
接连几场大胜，现在又把朝廷两大中郎将包围起来，让对方手足无措，黄巾军的士气达到顶峰，整个豫州，成了黄巾军的天下。
中央军五校（北军五校，为中央主要常备军，即屯骑、越骑、步兵、长水、射声五校尉所将宿卫兵）三河（河东、河内、河南）骑兵多年未经战事，临时组织起来的家丁亦未经系统训练，匆忙迎战，接连失败，士气低迷。
更重要的是各千人队单独指挥，缺乏配合，到了战场更多的是各自为战。
皇甫嵩及朱儁也没有办法，巧妇难为无米之炊，他们的兵力太少了，太弱了。
被包围一个多月，士气更加低迷。
七月中旬，传来冀州消息，张角和张宝被幽州军相继斩首，并获得近十万首级，现张梁已被包围在孤城广宗，胜利指日可待。
青州战场也是捷报频传，已平定青州东部几郡，所有的黄巾军被迫转移到青州西部边境。
皇甫嵩和朱儁心中大急，他们不仅没有获得战功，且被围困在长社，毫无作为；更让他们担心的是，若青州黄巾贼迫于幽州军的压力，全部流亡到兖州、豫州，那他们的面对的黄巾贼将更难对付。
官兵得知消息，心情更加烦躁。
护军司马傅燮建议道：“中郎将，部队士气低迷，缺乏训练，面对一群乌合之众都如此恐惧，便是孙膑在世也无能为力，燮认为，首要的任务便是练兵，提升士气。”
皇甫嵩没有说话，只是点了下头，默默的接受了傅燮的建议。
思索之后，皇甫嵩把所有的军司马、军候等召集起来，宣布加强对士卒的训练，所有军官皆陪同训练，若军官考核通不过，则就地免职，从本队提拔优秀之人顶替。
皇甫嵩也不敢破坏规矩，就算提拔军官，只能从他们原千人队中提拔，提拔之人还是他们家族里的人，好处至少没有落入外人之手，各大家族也不会因此而挑他的毛病。
迫于老将皇甫嵩的压力，曹操、冯芳、鲍鸿、袁绍、袁术等人皆应允。
随后，开始了轰轰烈烈的练兵。
豫州刺史王允被沛国黄巾贼包围在州治所谯县，目前毫无作为。
四月中旬，北中郎将卢植，带领副将宗员率北军五校将士开赴南阳战场，准备夺回宛城，消灭张曼成。
南阳郡郡治宛城，领县37，人口240万，为天下第一大郡。宛城为全国五大都市之一，东汉时，南阳被封南都，被尊为帝乡，为天下经济首都。
三月庚子日，南阳郡渠帅张曼成响应张角的号召，打着为马元义报仇的旗号，率领黄巾军起事，得到南阳郡民众的支持，势力迅速发展至十多万人，顺利斩杀南阳郡太守褚贡，并占领了宛城。
江夏都尉秦颉临危受命，继任南阳郡太守的职位，负责讨伐黄巾军。
五月中旬旬，卢植带兵到达南阳郡。
六月初，北中郎将卢植联合南阳郡太守秦颉出击，击败黄巾军，斩杀张曼成。
随后，黄巾军退守宛城，拥赵弘为渠帅。
赵弘不负众望，力挽狂澜，再振声势，稳住宛城一带黄巾军的军心。
六月中旬，卢植联合荆州刺史徐谬、南阳太守秦颉围攻宛城。
黄巾军吸取张曼成出城与敌人野战而失败被斩的教训，知道在野战中不是官兵的对手，于是坚守宛城不出，采取与官府军队对峙的策略。
从六月开始，卢植便命令城外三万官兵攻城，连续攻城多日，人员伤亡惨重，宛城却岿然不动，没有半点被攻克的迹象。
六月下旬，卢植大急，亲自设立大刀队，督军攻城，有退后者，大刀伺候。
渠帅赵弘率领黄巾军奋战，宛城固若金汤。
卢植等人无计可施。
城内粮草众多，黄巾军士气高涨。
七月中旬，卢植得知高顺等人斩首张角和张宝，围困张梁于孤城广宗，并扫平黄河以北的小股黄巾；且青州战场捷报频传，心中更急。
副将宗员心情非常郁闷，当初他看不上的小人物，如今占据五路大军的两路，且都取得了不菲的战功，而朝廷派出的三路大军，两路被围困在长社，一路对宛城无能为力，几个月下来不仅毫无战功，且损兵折将；至于他本人，更没有拿得出手的战绩。
官军的攻击逐渐懈怠下来，本身人数便少，不能与守城的黄巾贼拼消耗，他们耗不起。
于是卢植命令围绕宛城挖掘三道壕沟，将宛城严密封锁起来。
宛城内的黄巾军不为所动，他们早就得知，另外两路朝廷大军被围困在长社，若那边胜利了，这边的围困自然而解。